Ngoài việc đảm đương vị trí người đứng đầu Hoàng gia và lãnh đạo của khối thịnh vượng chung Anh, Nữ hoàng Elizabeth vẫn như bao người phụ nữ khác, đảm nhận vai trò một người mẹ của 4 người con (bao gồm Thái tử Charles, Hoàng tử Andrew, Hoàng tử Edward và Công chúa Anne).
Việc chăm sóc và nuôi dưỡng 4 người con cùng việc thực hiện các nhiệm vụ hoàng gia là điều không dễ dàng với Nữ hoàng. Từ đó, mối quan hệ giữa Nữ hoàng và 4 người con trở nên đặc biệt phức tạp, nhất là với con trai trưởng Thái tử Charles, người sẽ nắm giữ ngai vàng sau khi Nữ hoàng qua đời.
Thái tử Charles, người thừa kế ngai vàng, vị vua tương lai của Vương quốc Anh sinh ra vào ngày 14/11/1948. Lúc đó, Elizabeth II vẫn chưa phải là Nữ hoàng. Nhưng dù vậy, bà vẫn thường xuyên phải rời xa con nhỏ vì công việc. Theo Vanity Fair, khi Thái tử Charles vừa sinh nhật tròn 1 tuổi, Nữ hoàng thường xuyên bận rộn và phải ra nước ngoài. Sau khi bà lên ngôi nữ hoàng ở Westminster Abbey vào năm 1953, lịch trình của bà lại càng bận rộn hơn.
Sally Bedell Smith, tác giả của cuốn tiểu sử sắp xuất bản có tên "Thái tử Charles: Những đam mê và nghịch lý trong cuộc sống không hoàn hảo" đã viết rằng Nữ hoàng thường "để các vú em trông nom con cái trong cuộc sống hàng ngày".
Việc Elizabeth đảm nhận ngôi vị Nữ hoàng đã vô cùng bận rộn, nhưng chồng bà, Hoàng tế Phillip cũng không có thời gian rảnh để thay bà chăm con. Ngay sau khi vợ lên ngôi, ông phải dành 6 tháng ở nước ngoài công tác.
Trong việc dạy dỗ con cái, Hoàng tế Phillip vô cùng nghiêm khắc và khắt khe. Ông luôn có những quan điểm mạnh mẽ khi nói đến việc các con phải ứng xử như thế nào.
Thái tử Charles khi còn nhỏ là một cậu bé khá nhút nhát, thậm chí còn bị các bạn nam khác bắt nạt. Khi đó, Hoàng tế Philip đã tin rằng Thái tử Charles quá nhạy cảm nên ông quyết định gửi con mình đến trường nội trú Gordonstoun ở Scotland.
Khi Thái tử Charles đã trưởng thành, mối quan hệ giữa ông với mẹ của mình lại càng trở nên phức tạp hơn. Đặc biệt là sau khi ông bước vào cuộc hôn nhân với Công nương Diana vào năm 1981 nhưng trái tim ông lại không đặt trọn ở gia đình này. Bởi lẽ, dù đã lấy Diana Spencer làm vợ nhưng Thái tử Charles vẫn luôn nhung nhớ đến người yêu cũ là bà Camilla Parker Bowles khiến Công nương Diana phải trải qua thời gian dài sống trong cuộc hôn nhân như "địa ngục".
Chứng kiến cảnh con dâu phải sống khổ sở vì chồng không một lòng một dạ với mình, Nữ hoàng đã tỏ ra rất tức giận với Thái tử Charles. Có tin đồn cho rằng, bà đã hét lên với con trai rằng bà "không muốn con dính líu gì với người phụ nữ xấu xa đó".
Một thời gian sau, Nữ hoàng dường như đã bày tỏ sự tức giận và trừng phạt của mình thông qua việc điều Thái tử Charles đến St. James và thậm chí còn không tham dự sinh nhật lần thứ 50 của ông.
Sau vụ ly hôn ồn ào và cái chết của Công nương Diana, Nữ hoàng dần tha thứ cho Thái tử Charles và cả hai mẹ con bắt đầu cải thiện mối quan hệ. Năm 2005, Thái tử Charles kết hôn với bà Camilla và kể từ đó đã nhận được sự chấp thuận của Nữ hoàng.
Dù có nghi ngờ về mối quan hệ đã từng rạn nứt giữa hai mẹ con Nữ hoàng thì công chúng cũng có thể yên tâm bởi vào tháng 4 năm 2018 mới đây, Nữ hoàng tuyên bố rằng bà có một "mong muốn chân thành" rằng Thái tử Charles là người đứng đầu tương lai của khối Thịnh vượng chung. Trong các sự kiện gần đây, người ta bắt gặp những khoảnh khắc thoải mái và vui vẻ giữa Nữ hoàng và con trai nhưng chứng minh cho việc cả hai vẫn có mối quan hệ tốt đẹp.