Năm 1209, kinh thành Thăng Long rơi vào cảnh hỗn loạn do Quách Bốc nổi dậy. Quách Bốc vốn là bộ tướng của Phạm Bỉnh Di, vì bất bình trước việc vua Lý giam cầm cha con Phạm Bỉnh Di mà dấy binh làm phản, tấn công kinh đô. Trước tình thế nguy cấp, thái tử Lý Hạo Sảm cùng một số thuộc hạ thân tín đã phải rời bỏ kinh thành, lánh nạn về vùng Hải Ấp (nay thuộc thôn Lưu Xá, xã Canh Tân, huyện Hưng Hà, tỉnh Thái Bình).
Khi vào làng, đoàn người nhận thấy một ngôi nhà bề thế, khang trang ẩn sau cánh cổng vững chãi, toát lên vẻ kín đáo và uy nghiêm. Thái tử Sảm gõ cửa để xin phép chủ nhà cho tá túc tạm thời. Sau khi phân định vai vế chủ - khách, họ biết rằng chủ nhân của ngôi nhà là Trần Lý (còn gọi là Trần Chép), một hào trưởng giàu có và quyền thế nhất vùng. Trước đây, ông từng đứng đầu một phường chài lưới, nổi tiếng với bản lĩnh và sự khéo léo trong việc quản lý.
Không lâu sau, Trần Lý sai con gái là Trần Thị Dung (tên thật là Trần Thị Ngừ, được đặt theo tên một loài cá biển theo phong tục gia đình, sinh năm 1193) mang trà ra tiếp khách. Vẻ đẹp đậm đà, duyên dáng của cô gái trẻ khiến thái tử Sảm cảm mến ngay từ ánh nhìn đầu tiên. Ông liền ngỏ ý cầu hôn để kết thông gia. Cả gia đình Trần Lý đều vui mừng đồng thuận, trừ một người duy nhất – em họ của Trần Thị Dung, Trần Thủ Độ. Anh ta không nói gì nhưng ánh mắt và cử chỉ đã bộc lộ sự phản đối ngầm.
Trần Thủ Độ từ lâu vốn là một thanh niên giỏi võ nghệ, có tài tập hợp thanh niên trong vùng để hỗ trợ nhau mỗi khi ra khơi. Không ít lần, anh dẫn dắt phường chài chống lại bọn giang hồ hoặc cướp biển đến tranh giành tài sản và nguồn cá. Khi nghĩ đến cảnh sau này trở về từ biển sẽ không còn thấy nụ cười đằm thắm và ánh mắt lấp lánh của chị họ chào đón mình, lòng Thủ Độ đau đớn vô cùng. Tuy nhiên, anh vẫn nén lại cảm xúc riêng tư. Cuối cùng, Trần Thị Dung trở thành tân nương của thái tử, còn người anh trai Trần Tự Khánh thì được phong chức tước.
Với sự hậu thuẫn của gia tộc họ Trần, Trần Tự Khánh cùng anh cả là Trần Thừa và em cùng mẹ là Tô Trung Từ đã đứng ra chiêu mộ lực lượng quân sự. Họ dựng cờ quy tụ gần 3.000 nghĩa sĩ dưới danh nghĩa bảo vệ thái tử, rồi cùng hộ tống ông về khôi phục kinh thành. Nhờ vị trí tiền bối, lại là cậu ruột của Trần Thị Dung, Tô Trung Từ sớm được trọng dụng, được bổ nhiệm làm Điện tiền chỉ huy sứ. Trong khi đó, Trần Lý nhận tước hiệu Minh Tự.
Trần Thị Dung trở thành tân nương của thái tử, còn người anh trai Trần Tự Khánh thì được phong chức tước
Trong trận chiến tiến đánh Quách Bốc để giành lại kinh đô, Trần Lý đã hy sinh anh dũng. Từ đó, quyền kiểm soát lực lượng quân sự rơi vào tay Tô Trung Từ. Mùa đông năm 1210, vua Lý Cao Tông băng hà ở tuổi 38, thái tử Hạo Sảm kế vị ngôi vua với niên hiệu Lý Huệ Tông (trị vì 1210–1224). Lúc ấy, ông mới 16 tuổi, và mẹ ông – Đàm hậu – được tôn phong làm Hoàng thái hậu.
Ngay sau khi lên ngôi, vua Lý Huệ Tông đã gấp rút cử người mang thuyền rồng đến đón Trần Thị Dung về kinh thành. Tuy nhiên, anh trai của bà là Trần Tự Khánh không đồng thuận vì lo ngại tình hình chính trị bất ổn có thể gây bất lợi cho em gái.
Lúc này, quyền lực trong triều đình phần lớn nằm trong tay Tô Trung Từ. Ông từng bước củng cố thế lực bằng cách loại bỏ những đối thủ chính trị, trong đó có Thái úy Đỗ Kính Tu, đồng thời dẹp sạch các phe nhóm chống đối.
Sau đó, vua Huệ Tông lại tiếp tục phái người đến đón Trần Thị Dung với sự chấp thuận của Trần Tự Khánh. Để bảo đảm an toàn, Tự Khánh cử hai tướng thân tín hộ tống bà vào cung. Tại đây, Trần Thị Dung được sắc phong làm Nguyên phi – địa vị cao thứ hai trong hàng thê thiếp của vua. Về phần Tô Trung Từ, ông được bổ nhiệm làm Thái úy phụ chính, còn Trần Tự Khánh nhận tước hiệu “Chương Thành hầu”.
Tuy nhiên, vận mệnh của họ Tô sớm suy tàn khi Tô Trung Từ bị ám sát tại Gia Lâm. Từ đó, quyền lực quân sự dần rơi vào tay Trần Tự Khánh, ngày càng gia tăng sức ảnh hưởng.
Trần Thị Dung, theo quan niệm xưa, sở hữu vẻ đẹp và khí chất đặc biệt: tóc dày mượt, lông mày đậm, làn da sẫm màu như trái bồ quân, thần thái bền vững – tất cả đều là dấu hiệu của một người giàu sang phú quý. Bà được vua Lý Huệ Tông hết mực yêu thương và sủng ái. Tuy nhiên, thái hậu (mẹ vua) lại không ưa bà, nhiều lần tìm cách hãm hại nhưng đều không thành công.
Đầu năm 1213, do nghi ngờ Trần Tự Khánh có ý đồ phản nghịch, vua Huệ Tông giáng Trần Thị Dung xuống hàng Ngự nữ – bậc thấp nhất trong số các phi tần. Nhưng đến năm 1216, bà được phục hồi danh phận, phong làm Thuận Trinh Phu nhân, và cuối năm ấy chính thức trở thành Hoàng hậu.
Trong khi đó, dòng họ của bà ngày càng thịnh đạt. Anh trai Trần Tự Khánh được phong tước hầu rồi giữ chức Phụ chính đại thần, anh cả Trần Thừa được cử làm quan Nội thị gần gũi vua, còn em họ Trần Thủ Độ được giao trọng trách chỉ huy đội cấm quân.
Dần dần, Trần Thủ Độ được thăng chức Điện tiền chỉ huy sứ, sau đó trở thành Thái sư, nắm giữ mọi quyền hành trong triều. Hoàng hậu Trần Thị Dung hạ sinh hai công chúa. Công chúa trưởng là Thuận Thiên (tên thật là Lý Thị Oánh), sinh năm 1216, sau này được gả cho Trần Liễu – cha của Trần Hưng Đạo. Công chúa thứ hai là Chiêu Thánh, sinh năm 1218.
Vì Lý Huệ Tông không có con trai và mắc chứng bệnh tâm thần phân liệt, ngôi vị được truyền lại cho công chúa Chiêu Thánh vào năm 1224. Bà trở thành Lý Chiêu Hoàng (1224–1225), vị hoàng đế cuối cùng của triều Lý.
Cuối năm 1225, Lý Chiêu Hoàng kết hôn với Trần Cảnh – em trai Trần Liễu (con trai trưởng của Trần Thừa). Ngay sau đó, bà nhường ngôi cho chồng mình, đánh dấu sự chuyển giao quyền lực từ nhà Lý sang nhà Trần. Theo sử sách, việc này diễn ra dưới sự sắp xếp chủ yếu của Trần Thủ Độ, và có phần ảnh hưởng từ Trần Thị Dung.
Trước đó, mối quan hệ giữa Trần Thị Dung và vua Lý Huệ Tông đã nguội lạnh dần. Khi vua ngày càng xa rời việc nước và gia đình, bà cảm thấy chán nản với cuộc hôn nhân hiện tại và dần nảy sinh tình cảm mới với Trần Thủ Độ – người mà bà từng có thiện cảm từ lâu.
Sau khi nhà Trần chính thức thay thế nhà Lý vào đầu năm 1226, Trần Thị Dung quyết định tái giá với Thái sư Trần Thủ Độ. Bà được tôn xưng là Linh Từ Quốc mẫu. Vợ chồng bà đóng vai trò quan trọng trong việc củng cố triều đại mới cũng như lãnh đạo cuộc kháng chiến chống quân Nguyên Mông lần thứ nhất (1257–1258).
Sau khi nhà Trần chính thức thay thế nhà Lý vào đầu năm 1226, Trần Thị Dung quyết định tái giá với Thái sư Trần Thủ Độ
Trong thời kỳ kháng chiến, Trần Thị Dung đảm nhiệm nhiều nhiệm vụ hậu phương quan trọng, đặc biệt là tổ chức việc rút lui an toàn cho hoàng thất khỏi kinh thành. Bà còn tích cực đốc thúc việc mộ binh, dự trữ lương thực, rèn vũ khí, và chuẩn bị mọi nguồn lực cần thiết để tiếp tế cho tiền tuyến.
Trên mặt trận, khi vua tỏ ra lo lắng trước sức mạnh áp đảo của quân địch, Trần Thủ Độ đã nói một câu bất hủ đi vào lịch sử: “Đầu tôi chưa rơi, xin bệ hạ đừng lo.” Lời khẳng định này đã củng cố tinh thần của vua tôi và tướng sĩ. Cuối cùng, nhờ sự hỗ trợ vững chắc từ hậu phương và tài chỉ huy của Trần Thủ Độ, quân dân Đại Việt đã giành thắng lợi trong trận phản công chiến lược tại Đông Bộ Đầu (năm 1258), buộc quân Nguyên Mông phải rút lui.
Sau chiến tranh, vợ chồng Trần Thị Dung tiếp tục sống hạnh phúc bên nhau đến già. Bà qua đời vào năm 1259, để lại một người con trai chung với Trần Thủ Độ, tên là Trần Phó Duyệt.
Cuộc đời Trần Thị Dung gắn liền với những bước ngoặt lịch sử quan trọng, đặc biệt là quá trình chuyển giao quyền lực từ nhà Lý sang nhà Trần. Bà được đánh giá là người phụ nữ thông minh, linh hoạt, dám vượt qua rào cản xã hội và số phận để theo đuổi mục đích của mình. Dù trải qua nhiều biến cố, thăng trầm, bà vẫn kiên trì thích nghi và đóng góp cho sự phát triển của dòng họ Trần.
Tuy nhiên, bà cũng nhận không ít chỉ trích. Một số ý kiến phê phán bà vì không giữ trọn nghĩa với vua Lý, khuyến khích hôn nhân cận huyết trong gia tộc, và tái giá với người được coi là “kẻ thủ phạm” trong việc lật đổ nhà Lý. Ngoài ra, bà còn bị cho là có liên quan đến việc sắp xếp hôn nhân giữa con gái với cháu ruột và hòa giải các mâu thuẫn gia tộc.
Dẫu vậy, những người ủng hộ bà cho rằng mọi hành động của bà đều hướng đến mục tiêu lớn lao: xây dựng và duy trì cơ nghiệp nhà Trần, bảo vệ sự phát triển của dòng họ Trần – vốn khởi nguồn từ vùng Tức Mặc, phủ Thiên Trường (nay thuộc phường Lộc Vượng, thành phố Nam Định, tỉnh Nam Định). Với họ, bà là biểu tượng của sự hy sinh và tầm nhìn xa, đặt lợi ích quốc gia lên trên hết.
