Theo các tài liệu lịch sử, Lê Văn Duyệt là một trong những nhân vật xuất chúng, có đóng góp quan trọng trong việc thành lập triều Nguyễn. Sinh năm 1763 tại vùng Trà Lọt, làng Hoà Khánh, huyện Kiến Phong, tỉnh Định Tường (hiện nay là xã Hoà Khánh, huyện Cái Bè, tỉnh Tiền Giang), ông đã bắt đầu sự nghiệp phục vụ chúa Nguyễn Ánh từ năm 1781.
Trong suốt quá trình hoạt động, Lê Văn Duyệt đã lập nhiều chiến công hiển hách, góp phần không nhỏ vào việc giúp Nguyễn Ánh thống nhất đất nước, lập nên triều đại mới. Nhờ những đóng góp to lớn đó, ông được vua Nguyễn rất trọng dụng, phong làm Khâm sai Chưởng Tả quân dinh Bình Tây tướng quân, tước Quận công từ năm 1802 và sau đó là Tổng trấn Gia Định từ năm 1812 đến 1816.
Năm 1820, Lê Văn Duyệt lần thứ hai được vua Minh Mạng giao trọng trách làm Tổng trấn Gia Định. Trong suốt 12 năm tại chức, ông đã góp phần quan trọng trong việc biến Gia Định thành một trung tâm thương mại sầm uất, bảo đảm an ninh trật tự và thúc đẩy sự phát triển mạnh mẽ của vùng đất phương Nam.
Tuy nhiên, bi kịch đã xảy đến với gia đình Lê Văn Duyệt ngay sau khi ông qua đời vào năm 1832.
Theo "Việt Nam sử lược" (NXB Văn học, 1920), sau khi Lê Văn Duyệt qua đời, vua Minh Mạng đã bãi bỏ chức Tổng trấn Gia Định và chia 5 trấn Nam bộ thành 6 tỉnh. Ông cũng thiết lập lại hệ thống quan chức và bộ máy chính quyền, quân đội tại đây.
Trong số những người được điều đến, Bạch Xuân Nguyên được vua Minh Mạng giao nhiệm vụ làm Bố chính tại Phiên An (tức Gia Định). Nhân danh phụng mật chỉ điều tra các việc riêng của Lê Văn Duyệt, Bạch Xuân Nguyên đã yêu cầu chứng cứ và xử phạt các tôi tớ của Lê Văn Duyệt. Điều này khiến con nuôi của ông, Lê Văn Khôi, vô cùng căm phẫn và khởi binh chống lại.
Vua Minh Mạng tức giận khi biết tin, đã sai quân đi đánh dẹp và trách mắng Lê Văn Duyệt "che chở quân phỉ đảng, gây nên loạn lạc".
Ngày 18 tháng 5 năm Quý Tỵ (1833), Lê Văn Khôi dẫn đầu 28 người nổi loạn tấn công dinh Bố chính và giết chết Bạch Xuân Nguyên. Tổng đốc Nguyễn Văn Quế mang quân đến ứng cứu cũng bị quân khởi loạn giết chết.
Cuộc nổi loạn đã bị đàn áp tàn khốc nhưng vẫn chưa chấm dứt hoàn toàn. Vào tháng 12 năm 1833, Lê Văn Khôi qua đời do bệnh tật. Tuy nhiên, phải đến năm 1835, quân đội triều đình mới chính thức chiếm được thành Phiên An.
Con trai của Lê Văn Khôi, lúc đó mới chỉ 6 tuổi, cùng với 5 người khác bị bắt và giải về kinh đô. Họ bị khép tội chủ mưu và bị xử lăng trì. Gần 2.000 quân nổi dậy cũng bị tiêu diệt và chôn chung một chỗ, nơi này được gọi là "Mã Ngụy".
Mặc dù Lê Văn Duyệt đã qua đời 3 năm trước, nhưng ông vẫn không tránh khỏi liên lụy từ cuộc nổi dậy của con nuôi. Theo "Đại Nam liệt truyện" (biên soạn bởi Quốc sử quán triều Nguyễn, NXB Thuận Hóa, 2006), sau khi dẹp xong cuộc nổi dậy, triều đình nhận được sớ của Phan Bá Đạt từ Đô sát Viện kể tội Lê Văn Duyệt. Vua Minh Mạng ngay lập tức chỉ đạo đình thần nghị xử.
Các thành viên Nội các như Hà Văn Quyền, Nguyễn Tri Phương, và Hoàng Quỳnh đã dâng sớ liệt kê các tội trạng của Lê Văn Duyệt. Sau khi xem xét, có bảy tội đáng chém đầu, hai tội đáng thắt cổ, và một tội phải sung quân.
Minh Mạng sau đó đã ban dụ, trong đó có đoạn viết: "Tội Lê Văn Duyệt nhiều không kể xiết, nói ra đau lòng, dù có bửa quan quách mà giết thây cũng là đáng tội. Nhưng nghĩ hắn đã chết từ lâu và đã bị tước bỏ quan tước, xương khô trong mả, chẳng cần gia hình chi cho uổng công."
Lệnh từ triều đình Minh Mạng được ban ra, yêu cầu Tổng đốc Gia Định đến khu mộ của Lê Văn Duyệt phá bỏ núm mộ, san bằng mặt đất. Trên bia đá, họ khắc dòng chữ lớn: "Quyền yêm Lê Văn Duyệt phục pháp xứ" (Chỗ này là nơi hoạn quan Lê Văn Duyệt chịu hình phạt). Lệnh này được thi hành một cách nghiêm ngặt, không chỉ mộ của Lê Văn Duyệt mà cả mộ cha mẹ ông tại Long Hưng (hiện là Châu Thành, Tiền Giang) cũng bị đục bỏ tước hiệu khắc trên bia.
Theo "Quốc triều chính biên toát yếu" (NXB Thuận Hóa, 1998), năm Tân Sửu (1841), khi vua Thiệu Trị lên ngôi, ông đã ban lệnh tha tội cho thân thuộc của Lê Văn Duyệt và một vị quan khác là Lê Chất. Đến năm 1848, dưới triều vua Tự Đức, Đông Các đại học sĩ Võ Xuân Cẩn đã dâng sớ xin phục hồi danh dự cho con cháu của Nguyễn Văn Thành, Lê Văn Duyệt và Lê Chất. Vua Tự Đức cảm động trước lời tâu, bèn cho cháu của Lê Văn Duyệt là Lê Văn Điển giữ chức Chư quân Cai đội.
Năm 1849, đình thần đã xin rửa tội cho Lê Văn Duyệt và cấp lại khu vực mộ cho cháu ông là Lê Văn Niên trông coi. Mộ cha mẹ Lê Văn Duyệt ở thôn Long Thịnh cũng được cho phép tu sửa. Tuy nhiên, mãi đến năm 1868, vua Tự Đức mới chính thức phục hồi chức hàm cho Lê Văn Duyệt, phong ông là Chưởng Tả Quân Đại tướng quân và cho thờ ông trong miếu Trung hưng công thần ở Huế.
Sau nhiều năm bị hàm oan và mang tội danh của lịch sử, cuối cùng Lê Văn Duyệt cũng được minh oan, lấy lại danh dự và tước vị. Với những công lao to lớn khi còn sống, đền thờ ông sau này được lập ở nhiều nơi, đặc biệt là vùng Nam Bộ, để tưởng nhớ và tôn vinh một vị tướng tài ba.