Người Phát ngôn Lê Hải Bình nhấn mạnh: "Chúng tôi lên án mạnh mẽ hành vi sát hại vô nhân tính nhằm vào bé gái Việt Nam tại Nhật Bản. Chúng tôi xin gửi đến gia đình cháu bé lời chia buồn sâu sắc nhất và mong gia đình sớm vượt qua nỗi đau thương mất mát to lớn này. Ngay sau khi xảy ra vụ việc, Bộ Ngoại giao đã chỉ đạo Đại sứ quán Việt Nam tại Nhật Bản làm việc cụ thể, sát sao với các cơ quan chức năng của Nhật Bản đề nghị làm rõ vụ việc. Chúng tôi tin tưởng rằng phía Nhật Bản sẽ sớm tìm ra thủ phạm và xử lý nghiêm minh. Hiện nay Đại sứ quán đang phối hợp với các cơ quan chức năng Nhật Bản để sớm đưa vụ việc ra ánh sáng”.
Khi được đề nghị cho biết Bộ Ngoại giao đã hỗ trợ như thế nào đối với gia đình bé gái người Việt bị sát hại ở Nhật Bản trong quá trình xử lý vụ việc, Người Phát ngôn Bộ Ngoại giao nhấn mạnh: “Ngay từ khi vụ việc xảy ra và từ khi có thông tin ban đầu về vụ việc này, Đại sứ quán Việt Nam đã sát cánh cùng với gia đình trong nỗ lực tìm kiếm cũng như nỗ lực xử lý vụ việc. Đại sứ quán Việt Nam tại Nhật Bản vẫn đang phối hợp chặt chẽ với cơ quan chức năng của Nhật Bản hỗ trợ gia đình. Trong thời gian xảy ra vụ việc, có những lúc diễn ra vào ngày cuối tuần nhưng Đại sứ quán Việt Nam tại Nhật Bản vẫn cử người ứng trực hỗ trợ gia đình.”
Được biết trước đó tờ Asahi Shimbun của Nhật Bản dẫn một nguồn tin điều tra cho biết quá trình khám nghiệm tử thi cho thấy bé Nhật Linh có những dấu hiệu bị đánh vào đầu bằng một vật cùn và bị bóp cổ trước khi chết.
Cảnh sát Nhật Bản hiện đang nghi ngờ khả năng bé Nhật Linh đã bị sát hại tại một nơi khác, sau đó bị vứt xác tại nơi phát hiện thi thể, bởi không có dấu hiệu của sự chống cự tại nơi tìm thấy thi thể của bé ở TP Abiko, tỉnh Chiba, Nhật Bản.
Theo tờ Japan Times, các nhà điều tra cho rằng bé Linh có thể đã bị bắt cóc vài phút sau khi rời khỏi nhà để đến trường. Thi thể của bé được tìm thấy trong tình trạng co cứng, không mặc quần áo và không có đồ dùng cá nhân ở khoảng hẹp dưới cây cầu bắc qua một rãnh thoát nước. Cảnh sát tin rằng thủ phạm đã cố tình giấu thi thể vì không có nhiều người thường xuyên đi qua khu vực này.
Sáng 27-3, cảnh sát đã dựng các trạm kiểm tra trên các con đường gần trường học, phỏng vấn những người lái xe đi qua khu vực này vào sáng 24-3 và yêu cầu họ cung cấp hộp đen của xe. Các tình nguyện viên làm nhiệm vụ đứng quan sát và bảo đảm sự an toàn trên đường đi học cho học sinh cũng cho biết không nhìn thấy Nhật Linh vào sáng ngày mất tích.
Bé Lê Thị Nhật Linh bị mất tích từ sáng 24-3 khi đang trên đường đến trường. Bé Nhật Linh sống cùng bố mẹ và em trai ba tuổi ở Nhật Bản. Mọi người đều miêu tả Linh là một cô bé vui vẻ, thân thiện và hòa đồng.