Theo Đại Việt thông sử, năm 1527 Mạc Đăng Dung được tôn làm vua, hiệu Mạc Thái Tổ, chính thức lập ra nhà Mạc. Sau khi lên ngôi, Mạc Đăng Dung “lập ngay con trai trưởng là Mạc Đăng Doanh làm thái tử, phong em trai là Quyết làm Tín vương, truy phong em trai là Đốc làm Từ vương, ba em gái đều phong công chúa”. Nhà Mạc luôn thực hiện truyền ngôi theo chế độ trưởng nam và dòng đích. Lên ngôi chưa đầy ba năm, cuối năm 1529, Mạc Đăng Dung (Mạc Thái Tổ) thấy “nhân tâm trong nước chưa yên” bèn rút lui khỏi chính sự, nhường ngôi cho con trai trưởng là Mạc Đăng Doanh (Mạc Thái Tông) để lên làm Thái thượng hoàng.
Mạc Đăng Dung là cháu 7 đời của trạng nguyên Mạc Đĩnh Chi thời Trần. Theo Toàn thư và Đại Việt thông sử, Mạc Đĩnh Chi 1272 - 1346) là quan đại thần và nhà ngoại giao nổi tiếng triều Trần. Năm 1304, ông thi đỗ trạng nguyên. Nhờ thông minh, hiểu biết sâu rộng, ông nhiều lần được cử đi sứ sang Trung Quốc. Ông được Mạc Thái Tổ truy tôn miếu hiệu là Viễn Tổ.
Nhà Mạc tồn tại 65 năm (1527-1592), sau đó tàn dư kéo dài gần một thế kỷ nữa. Thế nhưng nhà Mạc không được chính sử công nhận là vương triều chính thống. Trong Đại Việt sử ký toàn thư, nhà Mạc không được chép thành Kỷ nhà Mạc như các Kỷ nhà Ngô, nhà Đinh, nhà Lý mà chỉ được "chép phụ" vào các đời vua Lê tương ứng. Vương triều Mạc bị coi là "chiếm ngôi", "thoán nghịch". Tuy nhiên, gần đây các nhà nghiên cứu, sử gia đã mở nhiều cuộc hội thảo, phân tích những điểm tích cực, công nhận cống hiến đích thực của vương triều này trong lịch sử dân tộc.
Năm 1562, vua Mạc Mậu Hợp lên ngôi. Lúc này ông được hơn 1 tuổi (Một số sách viết ông lên ngôi lúc 2 tuổi). Ông là vị vua thứ năm của nhà Mạc, ở ngôi 29 năm. Nắm quyền trong giai đoạn nhà Mạc suy yếu, Mạc Mậu Hợp trải qua nhiều biến cố đau thương. Theo sách "Lịch triều hiến chương loại chí", năm 1578, Mạc Mậu Hợp bị sét đánh, may mắn thoát chết nhưng bị liệt nửa người.
Lên ngôi khi còn rất nhỏ, Mạc Mậu Hợp may mắn được chú họ Mạc Kính Điển (con thứ ba của vua Mạc Thái Tông) nhiếp chính, nhờ đó chính sự ổn định. Sau khi Mạc Kính Điển mất năm 1580, triều Mạc cũng suy yếu hẳn.
Sau khi bị sét đánh, năm 1581, Mậu Hợp bị chứng “thong manh”, mắt mờ không trông rõ. Sau khi các thầy thuốc giỏi chữa trị trong vài năm, mắt của ông bình phục.
Cuộc đời làm vua của Mạc Mậu Hợp là những tháng năm đánh nhau liên miên với quân Lê - Trịnh do Trịnh Tùng chỉ huy. Sau khi Mạc Kính Điển qua đời, Mạc Mậu Hợp liên tiếp bị quân Trịnh đánh bại, phải bỏ chạy.
Sau nhiều năm đánh nhau với nhà Trịnh, quân Mạc ngày càng thất thế, liên tiếp thất bại. Cuối năm 1592, Mạc Mậu Hợp đích thân dẫn quân đánh giặc nhưng thất bại. Bị truy lùng, ông phải cải trang thành nhà sư trốn ở chùa, nhưng cuối cùng vẫn bị quân Trịnh bắt được.
Sau khi rơi vào tay quân Trịnh, Mạc Mậu Hợp bị treo 3 ngày. Trịnh Tùng ra lệnh cho quân lính chém đầu Mạc Mậu Hợp ở bãi cát Bồ Đề, rồi đem thủ cấp dâng lên vua Lê Thế Tông ở Vạn Lại - Thanh Hóa. Con trai của ông là Mạc Toàn kế nghiệp nhưng cũng nhanh chóng bị quân Trịnh đánh bại.
