Thông tư 78 cũng quy định rõ các loại thu nhập được miễn thuế TNDN, bao gồm:
Thu nhập từ trồng trọt, chăn nuôi, nuôi trồng thủy sản, sản xuất muối của HTX; thu nhập của HTX hoạt động trong lĩnh vực nông nghiệp, lâm nghiệp, ngư nghiệp, diêm nghiệp thực hiện ở địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn hoặc địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn; thu nhập của DN từ trồng trọt, chăn nuôi, nuôi trồng thủy sản ở địa bàn kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn; thu nhập từ hoạt động đánh bắt hải sản.
Thu nhập từ việc thực hiện dịch vụ kỹ thuật trực tiếp phục vụ nông nghiệp gồm: thu nhập từ dịch vụ tưới, tiêu nước; cày, bừa đất; nạo vét kênh, mương nội đồng; dịch vụ phòng trừ sâu, bệnh cho cây trồng, vật nuôi; dịch vụ thu hoạch sản phẩm nông nghiệp.
Thu nhập từ việc thực hiện hợp đồng nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ; thu nhập từ doanh thu bán sản phẩm trong thời kỳ sản xuất thử nghiệm và thu nhập từ doanh thu bán sản phẩm làm ra từ công nghệ mới lần đầu tiên áp dụng tại Việt Nam.Thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hoá, dịch vụ của DN có số lao động là người khuyết tật, người sau cai nghiện ma tuý, người nhiễm HIV bình quân trong năm chiếm từ 30% trở lên trong tổng số lao động bình quân trong năm của DN.
Thu nhập từ hoạt động dạy nghề dành riêng cho người dân tộc thiểu số, người khuyết tật, trẻ em có hoàn cảnh đặc biệt khó khăn, đối tượng tệ nạn xã hội, người đang cai nghiện, người sau cai nghiện, người nhiễm HIV/AIDS.
Thu nhập được chia từ hoạt động góp vốn, mua cổ phần, liên doanh, liên kết kinh tế với DN trong nước, sau khi bên nhận góp vốn, phát hành cổ phiếu, liên doanh, liên kết đã nộp thuế TNDN theo quy định của Luật thuế TNDN, kể cả trường hợp bên nhận góp vốn, phát hành cổ phiếu, bên liên doanh, liên kết được hưởng ưu đãi thuế TNDN.
Khoản tài trợ nhận được để sử dụng cho hoạt động giáo dục, nghiên cứu khoa học, văn hoá, nghệ thuật, từ thiện, nhân đạo và hoạt động xã hội khác tại Việt Nam.
Thu nhập từ chuyển nhượng chứng chỉ giảm phát thải (CERs) lần đầu của DN được cấp chứng chỉ giảm phát thải; các lần chuyển nhượng tiếp theo nộp thuế TNDN theo quy định.
Thu nhập liên quan đến việc thực hiện nhiệm vụ Nhà nước giao của Ngân hàng Phát triển Việt Nam từ hoạt động tín dụng đầu tư phát triển, tín dụng xuất khẩu; thu nhập từ hoạt động tín dụng cho người nghèo và các đối tượng chính sách khác của Ngân hàng Chính sách Xã hội; thu nhập của công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên quản lý tài sản của các tổ chức tín dụng Việt Nam; thu nhập từ hoạt động có thu do thực hiện nhiệm vụ Nhà nước giao của các quỹ tài chính Nhà nước: Quỹ Bảo hiểm xã hội Việt Nam, tổ chức Bảo hiểm tiền gửi, Quỹ Bảo hiểm Y tế, Quỹ Hỗ trợ học nghề..., không vì mục tiêu lợi nhuận theo quy định của pháp luật. Các quỹ này được thành lập và có cơ chế chính sách hoạt động theo quy định của Chính phủ hoặc Thủ tướng Chính phủ.
Phần thu nhập không chi của các cơ sở xã hội hóa trong lĩnh vực giáo dục - đào tạo, y tế và lĩnh vực xã hội hóa khác và phần thu nhập không chia của hợp tác xã để lại để hình thành tài sản của hợp tác xã.
Thu nhập từ chuyển giao công nghệ thuộc lĩnh vực ưu tiên chuyển giao cho tổ chức, cá nhân ở địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn.
