Trở về nước thi đấu ở V.League cho đội Thanh Hóa từ giai đoạn 2 của V.League 2013 với một bản hợp đồng mượn 3 tháng từ CLB Sparta Prague (CH Czech). Mức lương lúc đó Mạc Hồng Quân nhận được như anh chia sẻ thời điểm ấy là khá thấp.
Đội Thanh Hóa ký hợp đồng chính thức 1 năm với Mạc Hồng Quân vào đầu năm 2014. Do không được thi đấu thường xuyên, tiền đạo sinh năm 1992 đã chấp nhận đền bù 500 triệu đồng cho đội bóng xứ Thanh để đầu quân cho đội bóng nhà nghèo - Hùng Vương An Giang.
Mạc Hồng Quân khá đen đủi khi cuối năm 2014, CLB Hùng Vương An Giang đã tuyên bố giải thể do không có kinh phí hoạt động, nợ lương và nợ thưởng của các cầu thủ triền miên.
Sau đó, Mạc Hồng Quân đã được CLB QNK.Quảng Nam ký hợp đồng với giá trị 2 năm. Tuy nhiên, ông xã Kỳ Hân cũng nhanh chóng đầu quân cho Than Quảng Ninh với bản hợp đồng giá trị 3 năm. Phí lót tay mỗi năm được biết vào khoảng 1,5 tỷ đồng và mức lương của Mạc Hồng Quân ở Than Quảng Ninh không hơn 30 triệu đồng mỗi tháng.
Mạc Hồng Quân sử dụng tiền lót tay để mua được căn hộ ở Times City rộng gần 100m2. Ngoài ra, cuối năm 2015 vừa qua, tiền đạo Việt Kiều cũng tham gia đóng một bộ phim điện ảnh. Theo tìm hiểu, mức cát xê mà anh nhận được sau hơn 1 tháng tham gia đóng phim là 90 triệu đồng.
Có thể nói, tính đến thời điển này, mức thu nhập của tiền đạo sinh năm 1994 là khá thấp. Nên việc bà xã anh chia sẻ rằng mỗi tháng Mạc Hồng Quân chu cấp cho con trai của Khánh Ly 60 triệu khiến nhiều người nghi ngờ.
Tuy nhiên, Khánh Ly đã lên tiếng khẳng định đó là hoàn toàn là chuyện không có thật. "Từ khi chia tay Mạc Hồng Quân đến nay, tôi không nhận được bất kỳ cuộc gọi điện nào của Quân cả, thế nên chuyện anh Quân chu cấp tiền cho con trai tôi mỗi tháng là hoang đường. Tôi khẳng định, đến thời điểm này, con trai tôi chưa nhận được bất cứ đồng nào từ Mạc Hồng Quân. Và mẹ con tôi cũng không muốn bất kỳ sự dính dáng hay liên quan gì đến Mạc Hồng Quân nữa.", cô nói.